Den Fähranleger im Süden und den Ort verbindet ein vier Kilometer langer, eingleisiger Schienenstrang. Auf halber Strecke führt eine zwei Kilometer lange Stichbahn zum westlichen Zipfel Wangerooges. Mit dem Bahnhof Wangerooge selbst verfügt die Insel somit über drei Bahnhöfe.

Insgesamt rollt die Inselbahn bei Tempo zwanzig auf acht Kilometer Gleisen und sechs Kilometer Strecke durch Dünen und Watt. Den Reisenden bieten sich einmalige Ausblicke auf die Tier- und Pflanzenwelt des Nationalparks Wattenmeer. Auf dem Weg zwischen Fähranleger und dem Inselkern durchquert die Inselbahn die Salzwiesen an der Westlagune und zugleich die höchste Schutzzone des Nationalparks.